Em 30 de junho de 1860, o “Grande Debate” sobre a Teoria da Evolução de Darwin foi realizado no edifício do museu recém-inaugurado. O debate foi realizado entre Thomas Henry Huxley, apelidado de "Buldogue de Darwin", e Samuel Wilberforce, o Bispo de Oxford. Apenas sete meses após a publicação do livro A Origem das Espécies de Darwin, os dois oradores discutiram a nova e muito contestada teoria proposta na obra de Darwin. A teoria de Darwin agora é reconhecida como fundamental para a nossa compreensão do mundo natural. A estátua de Darwin no jardim do museu foi esculpida por Henry Hope Pinker e inaugurada em 14 de junho de 1899.
