Nenhum museu de história natural estaria completo sem ter esqueletos de baleia pendurados no teto. Os cetáceos, dentre eles as baleias, os golfinhos e os botos, são mamíferos oceânicos e incluem alguns dos maiores animais do mundo.
Muitos dos esqueletos de baleia do museu foram adquiridos logo após a inauguração do prédio em 1860 e, naquela época, os zoólogos viajavam pelo mundo para vê-los.