30 czerwca 1860 r. w nowo otwartym budynku muzeum odbyła się tzw. wielka debata dotycząca teorii ewolucji Darwina. Jej uczestnikami byli Thomas Henry Huxley (zwany „buldogiem” Darwina) oraz Samuel Wilberforce, biskup Oksfordu. Zaledwie siedem miesięcy po publikacji O powstawaniu gatunków ci dwaj mężczyźni debatowali nad nową i żarliwie krytykowaną teorią, którą Darwin przedstawił w swoim dziele. Teorię Darwina uważa się dziś za fundamentalną dla naszego rozumienia świata przyrody. Znajdujący się na dziedzińcu muzeum pomnik Darwina wykonany został przez Henry’ego Hope’a Pinkera i odsłonięty 14 czerwca 1899 roku.
